Für Yu Suzuki von Ys Net markiert Shenmue 3 noch nicht das Ende der Saga, deren ursprüngliches Konzept elf Kapitel umfasste und sich über fünf bis sechs Spiele erstrecken sollte. Tatsächlich räumt er nach Angaben von COG Connected in einem Interview ein, dass Shenmue 3 ein offenes Ende haben wird und die Geschichte von Ryu Hazuki in mindestens einem zusätzlichen Teil weitererzählt werden muss. Wie Polygon schreibt, umfasst das erste Spiel das erste Story-Kapitel, während ein Manga das zweite Kapitel behandelt und damit eine Brücke zu Shenmue 2 baut. Dort spannt sich der Handlungbogen bis hin zum fünften Kapitel, womit die Handlung von Shenmue 3 den Beginn des sechsten Kapitels markiert.