Endboss: Nihil
Den Endkampf in Echoes of Wisdom treten Zelda und Link gemeinsam an – bedeutet aber auch: Zelda kann nicht in die Schwertkämpfer-Form schlüpfen. Lediglich die Kraft des Tri-Stabs und die Echos stehen ihr zur Verfügung. Darüber hinaus muss sie hoffen, dass Link ordentlich angreift. Das unförmige Schattenmonster Nihil hat fünf Greifarme, die bekämpft werden müssen; am einfachsten ist hierbei Teamwork: Zelda zieht die Arme mit Einklang heraus, sodass die Muskelstränge freigelegt werden und Link sie durchtrennen kann.
Zwischendurch kann sich Nihil immer mal in Schattenversionen vergangener Endbosse wie Gohma, Ganon oder Bibberbrandt verwandeln – hier hilft nur, den Attacken auszuweichen. Sind die fünf Arme zerstört, verschwindet Nihil in der Wand, von der er weitere Arme wachsen lässt. Entgeht den Angriffen geschickt, wehrt euch gegen die zwischendurch auftauchenden Monster-Echos und greift wie zuvor an.
In einer zweiten Phase wird Zelda von Nihil in einen Unterwasser-Abschnitt gesogen. Hier müsst ihr wirbelnden Strudeln ausweichen und den Endboss mit schwimmenden Echos – zum Beispiel Bombenfischen – Schaden zufügen. Nach diesem Intermezzo folgt die dritte Phase, die der ersten gleicht; mit dem Unterschied, dass Nihil jetzt mehr und gefährlichere Schatten-Echos von Endgegenern beschwört.
Optionaler Boss im Osttempel: Smog
Im Tempel östlich von Schloss Hyrule hat sich ein gewisser Smog breit gemacht. Dieses einäugige Rauchwesen ist elektrisch aufgeladen, kann also nicht mit dem Schwert direkt angegriffen werden. Pfeile und Bomben tun aber auch ihren Dienst. Smog bewegt sich stets an den Felswänden und Brocken entlang; wenn ihr Letztere mit Einklang verschiebt, könnt ihr den Gegner ein bisschen in seiner Bewegung einschränken und besser treffen. Danach teilt er sich in drei kleinere Versionen seiner selbst auf, die ihr wieder zusammenbringen müsst. Wenn sich ein Mini-Smog um einen Stein bewegt, verschiebt diesen mit Einklang in die Richtung eines anderen Rauchwesens.
Wirkt ihr Einklang auf den Gegner selbst, ändert sich seine Bewegungsrichtung, ihr könnt die Zusammenführung also ein bisschen manipulieren. Ist diese gelungen und Smog weitere Male getroffen, folgt das gleiche Spiel noch einmal mit fünf Teilen. Ein bisschen Geschick ist erforderlich, belohnt werdet ihr am Ende aber mit einem Herzteil und einer beachtlichen Anzahl Rubine.
Optionaler Boss im Schiffswrack: Barinade
Im Schiffswrack im südwestlichen Teil der Zora-Bucht hat sich eine riesige, elektrisch aufgeladene Qualle eingenistet. Um den Nukleus kreisen, verbunden mit vor Spannung zitternden Nesseln, mehrere Mini-Quallen. Während sie aufgeladen sind, verbieten sich direkte Angriffe; Schüsse mit Pfeil und Bogen sind nur sehr schwer zu treffen. Nach einer Zeit zieht die Qualle jedoch ihre Nesseln wieder ein und wird für einen Moment angreifbar. Bevor jedoch der schwabbelige Kern dran glauben muss, müsst ihr alle Mini-Quallen abschlagen. Wenn ihr schnell seid, kann Barinade diese nur einmal generieren, bevor das Spiel von vorne losgeht. Wenn ihr nicht fix genug seid, geht das Spiel in eine dritte Runde. Lohn für eure Mühen sind ein Herzteil und ein Haufen Rubine.
Optionaler Boss in der Berghöhle: Magmarok
Auf dem Vulkan Eldin, ein Stück nordwestlich der Lizalfos-Höhle, hat sich ein Monster niedergelassen, welches ihr in einer optionalen Quest beseitigen könnt. Hierbei handelt es sich um den Magmarok, der sich nicht nur optisch am Boss aus dem ersten Dungeon in Echoes of Wisdom, Seismorok, orientiert. Auch die Attacken und Schwachstellen sind ähnlich – Magmaroks entscheidender Vorteil ist jedoch, dass er komplett in Flammen steht. Schafft ihr es also noch, wie gehabt sein Gelenk unterhalb des Körpers und am Arm auszukugeln, müsst ihr danach einen kühlen Kopf bewahren: Mit Wasserblöcken oder Hydrozols könnt ihr die flammenden Hände und den Körper löschen, um danach die leuchtende Kugel mit Einklang aus dem Steinkörper herauszuziehen und zu bekämpfen.
Optionaler Boss im Deku-Tempel: Smog
Noch einmal müsst ihr in dem versteckten Tempel südlich von Laubhausen gegen den Smog antreten – dieses Mal in der 2D-Perspektive. Wieder stellt sich der Kampf eher als ein Puzzle dar. Der rauchige Geselle teilt sich sofort in drei Teile auf und zerstiebt in alle Richtungen. Mit dem Bau von Barrieren aus Steinen oder Kisten könnt ihr im Wege in den labyrinthartigen Raum verbauen und dafür sorgen, dass die Teile wieder zusammenfinden. Ist das vollbracht, bekämpft Smog mit Pfeilen oder starken Echos.
Danach teilt das Rauchmonster sich – wie beim ersten Aufeinandertreffen – in fünf Teile und das Puzzlespiel geht von vorne los. Denkt dran, dass ihr die Laufrichtung der Mini-Smogs mit Einklang immer umkehren könnt. Als Siegprämie gibt es Monstersteine, Rubine und ein Herzteil.