Master Quest erzählt die gleiche Geschichte wie das Original, beinhaltet aber veränderte Dungeons und andere Fundorte der goldenen Skulltulas. Die Ereignisse außerhalb der Dungeons bleiben gleich. Es gibt keine neuen Feinde, allerdings muss Link mehr und schon früher starke Gegner bezwingen. Alle Endgegner bleiben aber gleich stark. In den Dungeons müssen andere Rätsel gelöst werden und die Items sind an neuen Orten versteckt. Die Hauptelemente eines Dungeons haben aber nicht gewechselt. Sobald man diese Version freigeschaltet hat, kann man sie im Titelbildschirm auswählen.
Spieletipps: Freischaltbares The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D
Spielt das Spiel durch, um The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D Master Quest freizuschalten.